Założony w połowie lat 80-tych przez 2 indonezyjski duchownych, JI stał się organizacją terrorystyczną, gdy jeden ze współzałożycieli, Abdullah Sungkar, zetknął się z Osamy ben Ladena i al-Kaidy. JI ma od rozprzestrzenił się na to komórki terrorystyczne w każdy kraj w południowo-wschodniej Azji i w Australii. Głównym celem organizacji jest stworzenie jednolitego Azji południowo-wschodniej Państwa islamskiego, które chcą, aby rozciągnąć od południowej Tajlandii, na półwyspie malajskim, obejmującej Singapuru i całym archipelagu indonezyjskiego do południowych Filipin. Są najbardziej aktywne w Indonezji, Malezji, Tajlandii i Południowej wyspy Filipin, gdzie twierdzą płac Świętej wojny przeciwko agentów "Zachodniego imperializmu", i inni, którzy się oprzeć ich ruch.

Prowadzone obecnie przez duchownego Abu Bakara Bashira, JI jest uważana za responsbile do października 2002 r. zamachy na Bali, Marriott bombardowania w sierpniu 2003 roku i spisek bomba U.S. i ambasady Izraela i brytyjskim budynki dyplomatyczne w Singapurze w grudniu 2001.