Typ znacznika DNA, generowane przez trawienie fragmentów genomowego DNA o dwa enzymy stworzyć wiele fragmentów DNA, podwiązanie specyficznych sekwencji DNA (o nazwie adaptery) aż po krańce te fragmenty, amplifikacji fragmentów przez PCR (za pomocą zestawu podkłady z sekwencji karty, oraz różnych losowych kombinacji trzech dodatkowych zasad na koniec)i wizualizacja fragmentów przez organizmy patogennne. The PCR będzie uzupełnienie każdego fragmentu, których sekwencja dzieje się rozpocząć z trzy base opisanej w zestaw primerów. AFLPs mieć ważną zaletę, że wielu markerów może być generowany przy stosunkowo niewielkim nakładzie pracy. Są bardzo użyteczny sposób liczenie w zakresie różnorodności genetycznej w ramach i pomiędzy. Ich Główną wadą jest to, że nie są specyficzne dla określonego locus a, ponieważ są one ocenione jako obecność lub brak zespołu, heterozygot nie mogą być odróżnione od homozygotes, czyli, są one dziedziczone w sposób dominujący.